En un Japón atacado con frecuencia por kaijus, Kafka Hibino trabaja en un equipo encargado de limpiar los restos de estas criaturas después de las intervenciones de las Fuerzas de Defensa. En el pasado soñaba con combatir junto a ellas, pero hace tiempo que abandonó esa ambición. Sin embargo, tras un misterioso incidente, Kafka adquiere la capacidad de transformarse él mismo en un kaiju sin perder su conciencia humana. Dividido entre su deseo de unirse a las Fuerzas de Defensa y la necesidad de ocultar su verdadera naturaleza, intenta proteger a los demás mientras se enfrenta a criaturas cada vez más peligrosas.