Dans un Japon régulièrement attaqué par des kaijus, Kafka Hibino travaille dans une équipe chargée de nettoyer les restes de ces créatures après l’intervention des Forces de Défense. Lui qui rêvait autrefois de combattre à leurs côtés a depuis longtemps abandonné cette ambition. Mais après un incident mystérieux, Kafka acquiert la capacité de se transformer lui-même en kaiju tout en conservant sa conscience humaine. Désormais partagé entre son désir de rejoindre les Forces de Défense et la nécessité de cacher sa véritable nature, il tente de protéger les autres tout en affrontant des créatures de plus en plus dangereuses.