Alors que le directeur, Isao Shinomiya, semble sur le point de triompher du terrible Kaiju n°9 au terme d'un combat titanesque, un étrange phénomène se produit. Dans un ultime effort, l'ennemi parvient finalement à atteindre son objectif en absorbant les pouvoirs du n°2, puis tente de prendre la fuite. Mais c'est sans compter Kafka, Kikoru et Narumi qui ont accouru sur les lieux pour l'arrêter.