En el siglo XVIII, mucho antes de la época de Seiya, una nueva Guerra Santa está a punto de comenzar entre Atenea y Hades. Tenma, un joven huérfano convertido en Caballero de Pegaso, descubre que su amigo de la infancia Alone ha sido elegido como recipiente del dios del Inframundo. Mientras tanto, Atenea se encarna en Sasha, la hermana de Alone, rompiendo el vínculo que unía a los tres amigos cuando un conflicto divino amenaza a toda la humanidad. Junto a los Caballeros de Oro y los demás guerreros del Santuario, Tenma intenta salvar a Alone mientras se enfrenta a los Espectros de Hades y a las pruebas de una guerra en la que el destino, el sacrificio y la amistad son puestos constantemente a prueba.