À l’ère Meiji, Kenshin Himura est un ancien assassin autrefois connu sous le nom de Battôsai, redouté pour son rôle pendant les bouleversements qui ont mis fin au shogunat. Désormais décidé à ne plus tuer, il parcourt le Japon armé d’un sabre à lame inversée et cherche à protéger les autres sans renier son passé. Sa rencontre avec Kaoru Kamiya l’amène à s’installer dans son dojo, où il se lie à de nouveaux compagnons. Mais les fantômes de son ancienne vie, les conflits politiques et de puissants adversaires viennent régulièrement mettre à l’épreuve son idéal de rédemption.