Hajime Saito, ancien membre du Shinsengumi, réapparaît devant Kenshin, et cherche à tester ses capacités ! Le gouvernement demande à Kenshin d'assassiner Shishio Makoto, le successeur de Battosaï. Ce dernier est devenu chef d'une organisation clandestine, et cherche à prendre le contrôle du Japon !