Durante la era Meiji, Kenshin Himura es un antiguo asesino conocido en el pasado como Battosai, temido por el papel que desempeñó durante los conflictos que pusieron fin al shogunato. Decidido ahora a no volver a matar, recorre Japón armado con una espada de filo invertido e intenta proteger a los demás sin negar su pasado. Su encuentro con Kaoru Kamiya lo lleva a instalarse en su dojo, donde crea nuevos lazos. Sin embargo, los fantasmas de su antigua vida, los conflictos políticos y poderosos adversarios ponen constantemente a prueba su ideal de redención.