En un futuro donde los seres humanos pueden sustituir gran parte de su cuerpo por implantes cibernéticos y conectar su mente a redes digitales, la mayor Motoko Kusanagi dirige una unidad especial encargada de combatir el terrorismo, la piratería informática y los delitos tecnológicos. Junto a la Sección 9, investiga casos relacionados con inteligencia artificial, manipulación de datos y ciberdelincuencia. A lo largo de sus misiones, Motoko también se enfrenta a cuestiones más profundas sobre la identidad, la conciencia y la frontera cada vez más difusa entre el ser humano y la máquina.