Dans un futur où les humains peuvent remplacer une grande partie de leur corps par des implants cybernétiques et connecter leur esprit aux réseaux numériques, le major Motoko Kusanagi dirige une unité spéciale chargée de lutter contre le terrorisme, le piratage informatique et les crimes technologiques. Avec la Section 9, elle enquête sur des affaires mêlant intelligence artificielle, manipulation de données et cybercriminalité. Au fil de ses missions, Motoko se confronte aussi à des questions plus profondes sur l’identité, la conscience et la frontière de plus en plus floue entre l’être humain et la machine.