En Death City, la escuela Shibusen forma a combatientes capaces de enfrentarse a brujas, monstruos y almas corrompidas. Los alumnos luchan por parejas: los Meisters utilizan compañeros capaces de transformarse en armas. Maka Albarn forma equipo con Soul Eater Evans y busca convertirlo en una Death Scythe reuniendo las almas necesarias. Junto a Black☆Star, Tsubaki, Death the Kid, Liz y Patty, se enfrentan a enemigos cada vez más peligrosos mientras una amenaza relacionada con la locura y antiguos poderes comienza a extenderse por el mundo.