Maka, Soul Eater, Black Star y Tsubaki son enviados en misión por el Maestro Shinigami, el dios de la muerte, para capturar al profesor Sid. Este antiguo maestro de Shibusen fue transformado en zombie ha cometido varias acciones contra estudiantes de la escuela. Nuestros dos Meisters acompañados de sus respectivas armas demoníacas van a tener que encontrar al responsable de esta zombición tirando los hilos en la sombra: el temible Doctor Stein.