À Death City, l’école Shibusen forme des combattants capables de lutter contre les sorcières, les monstres et les âmes corrompues. Les élèves combattent en binôme : les Meisters manient des partenaires capables de se transformer en armes. Maka Albarn fait équipe avec Soul Eater Evans et cherche à transformer ce dernier en Death Scythe en récoltant les âmes nécessaires. Aux côtés de Black☆Star, Tsubaki, Death the Kid, Liz et Patty, ils affrontent des ennemis de plus en plus dangereux tandis qu’une menace liée à la folie et à d’anciens pouvoirs commence à se répandre dans le monde.