Tres años después de los acontecimientos que transformaron por completo Konoha, Boruto Uzumaki vive lejos de la aldea y continúa su entrenamiento para dominar sus nuevas habilidades. Considerado ahora un enemigo por quienes antes estaban cerca de él, debe enfrentarse a las consecuencias de una realidad profundamente alterada y a adversarios cada vez más peligrosos. Cuando una nueva amenaza golpea Konoha, Boruto regresa al centro del conflicto, mientras Sarada, Mitsuki, Kawaki y los demás ninjas de su generación se ven arrastrados a una lucha en la que los poderes de los Ōtsutsuki y unas misteriosas criaturas vuelven a poner en peligro el futuro del mundo ninja.