Trois ans après les événements qui ont bouleversé Konoha, Boruto Uzumaki vit loin du village et poursuit son entraînement afin de maîtriser ses nouvelles capacités. Désormais considéré comme un ennemi par ceux qui étaient autrefois ses proches, il doit faire face aux conséquences d’une réalité profondément altérée et à des adversaires toujours plus dangereux. Lorsqu’une nouvelle menace frappe Konoha, Boruto revient au cœur du conflit, tandis que Sarada, Mitsuki, Kawaki et les autres ninjas de sa génération sont entraînés dans une lutte où les pouvoirs des Ôtsutsuki et de mystérieuses créatures menacent à nouveau l’avenir du monde ninja.