La clase 3-E del instituto Kunugigaoka recibe a un profesor muy poco habitual: una criatura extremadamente poderosa capaz de desplazarse a una velocidad increíble y responsable de la destrucción de gran parte de la Luna. Anuncia que destruirá la Tierra dentro de un año, a menos que sus alumnos consigan asesinarlo antes de ese momento. Apodado Koro-sensei, demuestra sin embargo ser un profesor atento y excepcionalmente eficaz, ayudando a sus estudiantes a progresar mientras esquiva todos sus intentos de asesinato. Entre clases, entrenamientos y misiones, los alumnos comienzan poco a poco a comprender mejor a su extraño profesor y a superar los fracasos que los llevaron a ser rechazados por el resto de la escuela.