La classe 3-E du collège Kunugigaoka accueille un professeur pour le moins inhabituel : une créature surpuissante capable de se déplacer à une vitesse phénoménale et responsable de la destruction d’une grande partie de la Lune. Il annonce qu’il détruira la Terre dans un an, sauf si ses élèves parviennent à l’assassiner avant cette échéance. Surnommé Koro-sensei, il devient pourtant un enseignant attentif et extrêmement efficace, aidant ses élèves à progresser tout en esquivant chacune de leurs tentatives. Entre cours, entraînements et missions d’assassinat, la classe apprend peu à peu à mieux comprendre son étrange professeur et à dépasser les échecs qui l’ont conduite à être rejetée par le reste de l’établissement.