Après la Guerre Sainte contre Hadès, Seiya reste gravement blessé par l’épée du dieu des Enfers. Pour tenter de le sauver, Athéna et Shun remontent le temps jusqu’au XVIIIe siècle, à l’époque de la précédente Guerre Sainte. Ils y rencontrent Tenma, le Chevalier de Pégase de cette génération, ainsi qu’Alone, jeune homme destiné à devenir le réceptacle d’Hadès. Tandis que le Sanctuaire se prépare à affronter les Spectres, de mystérieuses trahisons et des bouleversements liés au voyage temporel viennent compliquer le conflit. Passé et présent commencent alors à s’entremêler, mettant en jeu aussi bien le destin de Seiya que celui d’Athéna et des Chevaliers.