Mucho antes de los acontecimientos de Gunnm, la joven Yoko crece en Marte, en un mundo devastado por la guerra, los experimentos científicos y las luchas de poder entre facciones rivales. A medida que avanzan los conflictos, se enfrenta a la violencia, la pérdida y las manipulaciones que van moldeando poco a poco a quien más tarde se convertirá en Gally. Al mismo tiempo, su pasado se entrelaza con los acontecimientos que marcaron la historia de Marte y con los orígenes de varios personajes esenciales de la saga. Entre combates, revelaciones y conflictos políticos, Mars Chronicle explora las raíces de Yoko y las circunstancias que construyeron su identidad mucho antes de su caída en la Tierra.