Shiki Granbell es un joven criado por robots en el abandonado parque de atracciones de Granbell. Su encuentro con Rebecca Bluegarden, una creadora de vídeos viajera acompañada por su gato Happy, le da la oportunidad de abandonar por primera vez su mundo natal y descubrir la inmensidad del cosmos. Decidido a hacer amigos y conocer a Mother, una misteriosa entidad considerada la diosa del universo, Shiki embarca a bordo del Edens Zero. Junto a sus nuevos compañeros, recorre distintos planetas, se enfrenta a enemigos peligrosos y descubre poco a poco los secretos relacionados con su poder, su pasado y el extraño legado de la nave.