Shiki Granbell est un jeune garçon élevé par des robots sur le parc d’attractions abandonné de Granbell. Sa rencontre avec Rebecca Bluegarden, une vidéaste voyageuse accompagnée de son chat Happy, lui donne l’occasion de quitter pour la première fois son monde natal et de découvrir l’immensité du cosmos. Déterminé à se faire des amis et à rencontrer Mother, une mystérieuse entité considérée comme la déesse de l’univers, Shiki embarque à bord de l’Edens Zero. Avec ses nouveaux compagnons, il traverse différentes planètes, affronte des ennemis redoutables et découvre peu à peu les secrets liés à son pouvoir, à son passé et à l’étrange héritage du vaisseau.