Rachel, la madre de Rebecca, ha salido de su largo sueño. Anuncia un futuro aterrador: Mother se está a punto de morir y esto llevará al fin del género humano. Con el fin de evitarlo, toda la tripulación de la Flota Edens Zero decide irse para un viaje sin retorno para el último mundo, el Universo Cero. El relato vuelve a donde todo comenzó, en Granbell. Shiki y Rebecca, luego Happy, ¡ha llegado la hora de la reunión! ¡Un nuevo comienzo para una aventura que debe permitirles salvar el mundo!