En los años anteriores a las grandes aventuras de Hellboy, el joven agente del Bureau for Paranormal Research and Defense participa en sus primeras misiones de campo junto a Trevor Bruttenholm y otros miembros del B.P.R.D. Enviado a distintos lugares del mundo, investiga desapariciones, fenómenos ocultos, criaturas antiguas y experimentos secretos relacionados con las tensiones de la Guerra Fría. Cada caso le permite comprender mejor las fuerzas sobrenaturales que actúan en las sombras y el lugar particular que él mismo ocupa entre ellas. Entre espionaje, folclore, ciencia extraña y terror, la serie recorre la formación de Hellboy y los primeros años de su colaboración con el B.P.R.D.