Dos años después de los acontecimientos de Tokyo Ghoul, Haise Sasaki trabaja para el CCG y dirige el escuadrón Quinx, una unidad formada por investigadores capaces de utilizar poderes similares a los de los ghouls. Afectado por graves problemas de memoria, todavía desconoce gran parte de su propio pasado y la verdadera naturaleza de su identidad. Mientras se enfrenta a distintas organizaciones de ghouls y participa en las operaciones del CCG, recuerdos enterrados comienzan poco a poco a salir a la luz. Haise se encuentra entonces en el centro de un conflicto donde humanos y ghouls se enfrentan con más violencia que nunca, mientras los secretos relacionados con su historia personal y las ambiciones del CCG amenazan con alterar el equilibrio de Tokio.