Deux ans après les événements de Tokyo Ghoul, Haise Sasaki travaille pour le CCG et dirige l’escouade Quinx, une unité composée d’enquêteurs capables d’utiliser des pouvoirs proches de ceux des goules. Souffrant d’importants troubles de mémoire, il ignore encore une grande partie de son propre passé et de la véritable nature de son identité. Tandis qu’il affronte différentes organisations de goules et participe aux opérations du CCG, des souvenirs enfouis commencent peu à peu à refaire surface. Haise se retrouve alors au cœur d’un conflit où humains et goules s’opposent plus violemment que jamais, tandis que les secrets entourant son histoire personnelle et les ambitions du CCG menacent de bouleverser l’équilibre de Tokyo.