La paz parece haber regresado al Santuario, después de la tragedia que costó la vida a muchos caballeros de todas las órdenes. A partir de ahora, Saori lleva simultáneamente sus dos vidas, la de heredera de la Fundación Kido como figura pública y la de reencarnación de la diosa Atenea en la eterna lucha contra las fuerzas oscuras. Casi todo el mundo disfruta de un merecido descanso después de las duras pruebas que ha pasado, pero... Encarcelada por Atenea durante varios siglos en una urna sagrada, el alma del dios Poseidón logra escapar y toma posesión del joven millonario Julián Solo, uno de los pretendientes más fervientes de Saori y dueño de un considerable imperio marítimo. Armado con este nuevo cuerpo, Poseidón regresa a su ciudad submarina y despierta a sus Siete Generales Marinas, guardianes de los pilares sagrados de los océanos. Queriendo remodelar el mundo según su visión de perfección, Poseidón desata un verdadero diluvio en toda la Tierra. Atenea se ofrece como sacrificio para recibir toda el agua destinada a la Tierra, encerrada en el Pilar Central. Mientras tanto, los Caballeros Dorados son mantenidos en el Santuario por orden del Viejo Maestro, por una razón aún desconocida... ¡Una vez más, depende de los Caballeros de Bronce acudir en ayuda de su diosa antes de que sea demasiado tarde! Seiya, Shiryû, Hyôga y Shun tendrán que enfrentarse a los Siete Puertos Generales para destruir los pilares de los océanos uno por uno, antes de llegar al Pilar Central y liberar a Atenea para derrotar a Poseidón...