La paix semble revenue au sein du Sanctuaire, après la tragédie qui coûta la vie à bon nombre de chevaliers de tous les ordres. Désormais, Saori mène de front ses deux vies, celle d'héritière de la Fondation Kido comme personnalité publique et celle de réincarnation de la déesse Athéna dans la lutte éternelle contre les forces obscures. Chacun ou presque goûte un repos bien mérité après les dures épreuves subies, mais... Emprisonné par Athéna depuis plusieurs siècles dans une urne sacrée, l'âme du dieu Poséidon parvient à s'échapper et prend possession du jeune millionnaire Julian Solo, l'un des plus fervents prétendants de Saori et maître d'un empire maritime considérable. Fort de ce nouveau corps, Poséidon regagne sa cité sous-marine et réveille ses Sept Généraux Marinas, gardiens des piliers sacrés des océans. Voulant remodeler le monde selon sa vision de la perfection, Poséidon déchaîne sur la Terre entière un véritable déluge. Athéna s'offre elle-même en sacrifice afin de recevoir toute l'eau destinée à la Terre, enfermée dans le Pilier Central. Pendant ce temps, les Chevaliers d'Or sont maintenus au Sanctuaire par ordre du Vieux Maître, pour une raison encore inconnue... Une nouvelle fois, c'est aux Chevaliers de Bronze de voler au secours de leur déesse avant qu'il ne soit trop tard ! Seiya, Shiryû, Hyôga et Shun devront affronter les Sept Généraux Marinas pour détruire un à un les piliers des océans, avant d'atteindre le Pilier Central et de libérer Athéna pour défaire Poséidon...