A finales del siglo XIX, la vida de Jonathan Joestar cambia por completo con la llegada de Dio Brando, un joven ambicioso acogido por su padre. Tras una aparente cortesía, Dio pretende apoderarse de la fortuna de los Joestar y convierte poco a poco su rivalidad en una auténtica guerra personal. Cuando descubre los poderes de una antigua Máscara de Piedra capaz de transformar a un ser humano en una criatura sobrehumana, el conflicto adquiere una dimensión sobrenatural. Para detenerlo, Jonathan aprende a dominar el Hamon, una energía basada en la respiración, junto a Will A. Zeppeli. Su enfrentamiento sienta las bases de la larga historia de la familia Joestar.