Fairy Girls sigue a varias integrantes de la guild Fairy Tail, entre ellas Lucy, Erza, Wendy y Juvia, durante aventuras paralelas a la serie principal. Mientras cumplen distintas misiones y se enfrentan a nuevos adversarios, las cuatro magas deben apoyarse en sus poderes complementarios y en la complicidad que las une para superar situaciones inesperadas. La historia pone un mayor énfasis en su dinámica de grupo, sus personalidades y su papel dentro de Fairy Tail, manteniendo al mismo tiempo la acción, el humor y la magia característicos del universo de la serie.