Conrad «Duke» Hauser, uno de los soldados más condecorados del ejército estadounidense, ve cómo todas sus certezas se derrumban después de sobrevivir al ataque de un caza capaz de transformarse en un robot gigante. Cuando sus superiores se niegan a creer su testimonio, Duke decide investigar por su cuenta esta amenaza extraterrestre. Su búsqueda de respuestas lo conduce hasta el Energon, la existencia de los Transformers y las primeras señales de un conflicto mucho mayor. Perseguido, aislado y considerado cada vez más como un problema por su propia jerarquía, queda atrapado en el centro de una guerra secreta donde las alianzas se vuelven inciertas y comienzan a sentarse las bases de los futuros G.I. Joe.