Conrad « Duke » Hauser, l’un des soldats les plus décorés de l’armée américaine, voit ses certitudes s’effondrer après avoir survécu à l’attaque d’un chasseur capable de se transformer en robot géant. Lorsque ses supérieurs refusent de croire son témoignage, Duke décide d’enquêter seul sur cette menace extraterrestre. Sa recherche de réponses le conduit à découvrir l’Energon, l’existence des Transformers et les premiers signes d’un conflit bien plus vaste. Traqué, isolé et progressivement considéré comme un problème par sa propre hiérarchie, il se retrouve au cœur d’une guerre secrète où les alliances se brouillent et où les fondations des futurs G.I. Joe commencent à prendre forme.