Tras sobrevivir a Sword Art Online y regresar al mundo real, Kazuto Kirigaya descubre que Asuna se encuentra entre los jugadores que todavía no han despertado. Una imagen que sugiere que permanece prisionera en ALfheim Online, un nuevo juego de realidad virtual poblado por hadas, lo impulsa a adoptar de nuevo su identidad de Kirito. Para encontrarla, deberá alcanzar la cima del Árbol del Mundo, un lugar considerado inaccesible. Con la ayuda de Leafa, una jugadora experimentada que conoce durante su aventura, atraviesa un universo marcado por las rivalidades entre las razas de hadas. Sin embargo, detrás de este mundo encantador se oculta una conspiración que amenaza directamente a Asuna y a los demás jugadores que siguen atrapados.