Après avoir survécu à Sword Art Online et retrouvé le monde réel, Kazuto Kirigaya découvre qu’Asuna fait partie des joueurs qui ne se sont toujours pas réveillés. Une image laissant penser qu’elle est retenue prisonnière dans ALfheim Online, un nouveau jeu en réalité virtuelle peuplé de fées, le pousse à reprendre son identité de Kirito. Pour la retrouver, il doit atteindre le sommet de l’Arbre du Monde, un lieu réputé inaccessible. Aidé par Leafa, une joueuse expérimentée rencontrée au cours de son aventure, il traverse un univers marqué par les rivalités entre peuples féeriques. Mais derrière ce monde enchanteur se cache un complot qui menace directement Asuna et les autres joueurs encore prisonniers.