Iori Kitahara deja Tokio para comenzar sus estudios universitarios en una ciudad costera, donde se instala en casa de su tío, propietario de una tienda de buceo llamada Grand Blue. Esperando una nueva vida estudiantil tranquila, descubre rápidamente el club de buceo local, cuyos miembros sienten tanta pasión por el océano como por las fiestas completamente descontroladas. Entre entrenamientos, competiciones, amistades y situaciones cada vez más absurdas, Iori aprende poco a poco a apreciar el submarinismo a pesar de sus reticencias iniciales. Junto a Chisa, Kohei y los demás miembros del grupo, descubre tanto la belleza del mundo submarino como las alegrías y los excesos de una vida universitaria totalmente imprevisible.