Iori Kitahara quitte Tokyo pour commencer ses études universitaires dans une ville côtière où il s’installe chez son oncle, propriétaire d’un magasin de plongée nommé Grand Blue. Il imagine une nouvelle vie étudiante tranquille, mais découvre rapidement le club de plongée local, peuplé de membres aussi passionnés par l’océan que par les soirées particulièrement mouvementées. Entre entraînements, compétitions, amitiés et situations absurdes, Iori apprend peu à peu à apprécier la plongée sous-marine malgré ses premières réticences. Aux côtés de Chisa, Kōhei et des autres membres du groupe, il découvre autant la beauté du monde marin que les joies et les excès d’une vie universitaire complètement imprévisible.