Thomas y el resto de clarianos tendrán que enfrentarse a su mayor desafío hasta el momento, buscar pistas sobre la misteriosa y poderosa organización conocida como CRUEL. Este viaje les llevará a La Quemadura, un apocalíptico lugar repleto de inimaginables obstáculos. Formando equipo con miembros de la resistencia, los clarianos deberán desenmascarar a las fuerzas superiores de CRUEL y averiguar qué planes tienen para todos ellos.