De vuelta en un New York caído a manos de su enemigo jurado, nuestros cuatro Tortuos tendrán que encontrar a sus más valiosos aliados en la nueva batalla que se anuncia frente a aquel que antes se llamaba Oroku Saki. Volviendo al lado positivo, Leonardo hace equipo con Splinter para andallar un plan frente al Foot Clan, mientras que sus hermanos reúnen a los mejores soldados para ayudarlos a recuperar su ciudad.