De retour dans un New-York tombé aux mains de leur ennemi juré, nos quatre Tortues vont devoir retrouver leurs plus précieux alliés dans la nouvelle bataille qui s'annonce face à celui que l'on appelait jadis Oroku Saki. Revenu du bon côté, Leonardo fait équipe avec Splinter pour échafauder un plan face au Foot Clan, tandis que ses frères rassemblent les meilleurs soldats pour les aider à reprendre leur ville.