City Fall toca su punto culminante cuando Shredder revela a su comandante en segundo lugar y desencadena un ataque sin precedentes sobre la ciudad de Nueva York. Leonardo parece perdido por la causa de los tortuos y nada parece poder detener el Foot Clan. Si quieren mantener intacta su ciudad, los alumnos de Splinter tendrán que recurrir a alianzas sin precedentes, y lanzar todas sus fuerzas en la lucha para triunfar contra su enemigo jurado.