City Fall touche à son paroxysme quand Shredder dévoile son commandant en second et déclenche un assaut sans précédent sur la ville de New York. Leonardo semble perdu pour la cause des Tortues et rien ne semble pouvoir arrêter le Foot Clan. S'ils veulent garder leur ville intacte, les élèves de Splinter vont devoir recourir à des alliances sans précédent, et lancer toutes leurs forces dans le combat pour triompher de leur ennemi juré.