Charles Xavier revela un nuevo proyecto destinado a transformar definitivamente el futuro de los mutantes: la creación de Krakoa, una nación soberana donde puedan vivir según sus propias leyes y negociar de igual a igual con las grandes potencias del mundo. Mientras los X-Men participan en la construcción de esta nueva sociedad, las revelaciones sobre la historia secreta de los mutantes muestran que su lucha va mucho más allá del presente. A través de distintas épocas y futuros posibles, House of X / Powers of X explora la evolución de la humanidad y de los mutantes, sus conflictos con las máquinas y las decisiones capaces de determinar la supervivencia de toda su especie.