Charles Xavier révèle un nouveau projet destiné à transformer définitivement l’avenir des mutants : la création de Krakoa, une nation souveraine où ils peuvent vivre selon leurs propres lois et négocier d’égal à égal avec les grandes puissances du monde. Tandis que les X-Men participent à la construction de cette nouvelle société, des révélations sur l’histoire secrète des mutants montrent que leur lutte dépasse largement le présent. À travers plusieurs époques et futurs possibles, House of X / Powers of X explore l’évolution de l’humanité et des mutants, leurs conflits avec les machines et les choix capables de déterminer la survie de toute leur espèce.