Desde la llegada de los Autobots y los Decepticons a la Tierra, la existencia de tecnología extraterrestre y del Energon ha alterado el equilibrio mundial. Ante el creciente poder de la misteriosa organización Cobra, Conrad «Duke» Hauser asume el mando de una nueva unidad de élite: los G.I. Joe. Todavía inexpertos como equipo, estos agentes especiales deben aprender a enfrentarse a un enemigo cuyos recursos, armas y ambiciones superan ampliamente los de una organización criminal convencional. Bajo el liderazgo de Cobra Commander, Cobra pretende explotar el Energon para aumentar su poder, situando a los G.I. Joe en el centro de un conflicto que pronto va mucho más allá de una guerra tradicional.