Depuis l’arrivée des Autobots et des Decepticons sur Terre, l’existence de technologies extraterrestres et de l’Energon bouleverse l’équilibre mondial. Face à la montée en puissance de la mystérieuse organisation Cobra, Conrad « Duke » Hauser prend la tête d’une nouvelle unité d’élite : les G.I. Joe. Encore inexpérimentée en tant qu’équipe, cette force spéciale doit apprendre à combattre un adversaire qui dispose de ressources, d’armes et d’ambitions bien supérieures à celles d’une organisation criminelle ordinaire. Sous la direction de Cobra Commander, Cobra cherche à exploiter l’Energon pour accroître son pouvoir, plaçant les G.I. Joe au cœur d’un conflit qui dépasse rapidement les frontières terrestres.