La rivalité qui oppose Duke et Cobra Commander a atteint des sommets depuis leur récents affrontements. Pourtant, lorsque celui-ci se fait trahir par l'un des ses lieutenants, il n'a d'autres choix que de s'allier au leader des G.I. Joes pour que tous deux puissent espérer échapper à la fureur des Dreadnoks. La guerre est déclarée, et s'apprête à faire éclater les alliances, les convictions... et les crânes !