Mantenida en secreto durante años, la existencia de la unidad de élite G.I. Joe sale a la luz cuando Cobra intensifica sus operaciones en territorio estadounidense. Bajo el mando de Duke, Scarlett, Roadblock, Snake Eyes y sus compañeros se enfrentan a una organización terrorista equipada con armas avanzadas, agentes infiltrados y enormes recursos. Mientras Cobra Commander intenta ampliar su influencia, las rivalidades entre la Baroness, Destro y otras figuras de Cobra complican aún más el conflicto. Ahora expuestos a los medios de comunicación y a la opinión pública, los G.I. Joe deberán combatir a sus enemigos mientras se adaptan a una guerra en la que operaciones militares, espionaje y manipulación de la información se han vuelto inseparables.