Longtemps tenue secrète, l’existence de l’unité d’élite G.I. Joe est révélée au public lorsque Cobra intensifie ses opérations sur le sol américain. Sous le commandement de Duke, Scarlett, Roadblock, Snake Eyes et leurs coéquipiers affrontent une organisation terroriste disposant d’armes avancées, d’agents infiltrés et de ressources considérables. Alors que Cobra Commander cherche à étendre son influence, les rivalités entre la Baroness, Destro et les autres figures de Cobra compliquent encore le conflit. Désormais exposés aux médias et à l’opinion publique, les G.I. Joe doivent combattre leurs ennemis tout en s’adaptant à une guerre où opérations militaires, espionnage et manipulation de l’information deviennent indissociables.