Bruce Wayne continúa su guerra contra el crimen mientras una serie de amenazas pone poco a poco en duda todo lo que cree saber sobre Batman. Entre manipulaciones psicológicas, sociedades secretas y enemigos capaces de aprovechar sus debilidades más profundas, descubre que ciertas fuerzas llevan años actuando contra él. Su recorrido lo enfrenta al Black Glove, al misterioso Doctor Hurt y a varias figuras relacionadas con su pasado, al mismo tiempo que descubre la existencia de Damian Wayne, el hijo que tuvo con Talia al Ghul. Desde Gotham hasta los límites del tiempo y, finalmente, hasta la creación de Batman Incorporated, Bruce intenta transformar a Batman de un símbolo solitario en una idea capaz de sobrevivir al hombre que lleva la máscara.