Desmond Miles permanece prisionero en un laboratorio secreto donde unos científicos utilizan el Animus para explorar los recuerdos ocultos en su herencia genética. A través de las vidas de sus antepasados, entre ellos Aquilus en la antigua Roma y Accipiter entre los pueblos germánicos, descubre la existencia de un conflicto secular entre los Asesinos y los Templarios. Tras sus enfrentamientos se esconde la búsqueda de artefactos capaces de influir en el destino de la humanidad. Mientras pasado y presente comienzan a entrelazarse, Desmond comprende que su papel va mucho más allá del de un simple observador y que las decisiones de sus antepasados podrían determinar el desenlace de una lucha que continúa activa en su propia época.