Desmond Miles est retenu prisonnier dans un laboratoire secret où des scientifiques utilisent l’Animus pour explorer les souvenirs enfouis dans son patrimoine génétique. À travers les vies de ses ancêtres, notamment Aquilus dans la Rome antique et Accipiter parmi les peuples germaniques, il découvre l’existence d’un conflit séculaire opposant les Assassins aux Templiers. Derrière leurs affrontements se cache la recherche d’artefacts capables d’influencer le destin de l’humanité. Tandis que passé et présent commencent à se répondre, Desmond comprend que son propre rôle dépasse largement celui d’un simple observateur et que les choix de ses ancêtres pourraient déterminer l’issue d’une lutte toujours active à son époque.