Enero de 2118. La inspectora jefe del Departamento de Investigación Criminal, Akane Tsunemori, recibe un informe sobre un incidente en un navío extranjero: se ha hallado el cadáver de la profesora Milicia Stronskaya. Al reunirse con Shinya Kogami, un antiguo fugitivo del Departamento de Investigación Criminal, Akane se enfrenta a un caso que no tarda en superar sus expectativas. Los Papeles de Stronskaya podrían revelar una verdad que haría tambalearse al gobierno japonés, e incluso al Sistema Sibyl, hasta sus cimientos.